Le Ninjutsu est l'art du ninja. Les attaques utilisent généralement beaucoup de chakra et correspondent aux divers éléments.
On trouve des techniques de type :

• Katon : l'art d'uliliser le Feu ;
• Suiton : l'art d'uliliser l'Eau ;
• Doton : l'art d'uliliser la Terre, le Sol ;
• Futon : l'art d'utiliser le Vent ;
• Raiton : l'art d'utiliser la Foudre ;
• Mokuton : l'art d'uliliser le Bois (combinaison de Doton et Suiton) ;
• Hyoton : l'art d'utiliser la Glace (combinaison de Futon et Suiton).

Les ninjas utiliseront ces différents types de techniques selon leurs affinités. Par exemple, les membres du clan Uchiha, qui ont pour affinité le Katon, se verront naturellement doués pour effectuer des techniques de ce type.

Le Taijutsu est un style de combat au corps à corps. Il demande à son utilisateur une grande vitesse d'éxécution et beaucoup de puissance.
Ce sont principalement des techniques de coups de poing/coups de pied, de bloquages, de bris des os, de sauts, d'etranglements, de déplacements rapides et silencieux, et de parades.

Le Genjutsu est un style de combat qui utilise les illusions d'optique. Les ninjas qui maîtrisent le Genjutsu peuvent tromper leurs adversaires en jouant sur l'environnement, l'hypnose, etc... Le ninja peut alors dominer son adversaire en le contrôlant ou le faisant paniquer.
Il existe des techniques qui peuvent les annuler, et les ninjas confirmés sont plus ou moins capables de les détecter. Cela dépend évidemment de la puissance du jutsu utilisé.

Le Dôjutsu est l'art d'utiliser les pupilles (Sharingan et Byakugan).

Le Kuchiyose no jutsu est l'art d'invoquer des animaux. Pour pouvoir invoquer un animal, il faut signer de son sang un contrat avec celui-ci.

Le Fûinjutsu est l'art de sceller. Cet art demande un niveau d'expérimentation très élevé. Les techniques de Fûinjutsu permettent d'emprisonner des entités dans un corps (Naruto et Kyuubi par exemple), d'agir sur les capacités physique et mentale de la personne ayant reçu le sceau (Sasuke et Orochimaru par exemple), etc...